在对橡塑棉软包企业的调查中，纪检委发现了多起违纪行为。企业高层存在贪污行为，通过虚报采购成本、骗取差旅费等手段非法获取巨额财富。企业内部存在严重的权力寻租现象，领导干部利用职务之便，为亲友谋取私利，违反了公平竞争原则。企业员工也存在违纪行为，如违规收受礼品、滥用职权等，严重损害了企业的形象和利益。